HyperChem补丁

　　HyperChem补丁是针对原程序而开发的激活工具，能够帮助用户将原程序直接激活，解除功能限制，此补丁内置了序列号以及密码，还有与之对应的文件，整个过程非常简单；新版本更新了密度功能包，密度泛函理论(DFT)已被添加为基本的计算引擎，以补充分子力学，半经验量子力学和从头算量子力学；这种新的计算方法具有包括一阶和二阶导数在内的全部功能，因此DFT还可以使用其他早期引擎的所有功能；这些包括几何优化，红外光谱和光谱，分子动力学，蒙特卡洛等；提供了完整的交换和相关功能补充，其中包括可以以任何方式组合的八个交换功能和八个相关功能。还包括四种组合或混合功能，例如流行的B3-LYP或Becke-97方法。用户可以选择各种集成网格来控制方法的准确性；支持Charmm蛋白模拟，程序中的生物力场表示使用分子力学力场的哈佛化学版本，此版本使用新的功能术语和新参数更新了此力场，以表示Charmm社区的最新科学；Charmm-19的新参数集代表了HyperChem早期版本中生物力场的新参数，但是参数集；更新了忽略差分重叠(TNDO)的类型，微分重叠的类型忽略法是一种新的半经验方法，它融合了分子力学和半经验量子力学的思想；它被设计为一种通用的半经验方法，当与适当的参数结合使用时能够实现高精度；它使用原子分型的分子力学思想来描述具有不同类型的不同参数的分子中原子的化学环境；这是在没有任何量子力学能力的情况下赋予分子力学有效性和准确性的关键思想；TNDO结合了原子键入的基本量子力学方法，并允许快速的半经验方法提供可靠的结果；需要的用户可以下载体验

新版功能

　　HyperChem结果显示

　　渲染选项：棒，球棒，融合CPK球，球和圆柱体，带有可选点表面的管。

　　新力场

　　HyperChem通过包括对该力场的最新修改，为AMBER分子力学方法增加了重要的新功能。

　　AMBER代码支持5种参数集及其相关的功能形式：琥珀色2、琥珀色3、琥珀色的糖、琥珀色94、琥珀色96、琥珀色99

　　MM +，AMBER，Charmm和OPLS的默认参数方案

　　当相关参数文件中缺少显式参数时，任何分子力学计算都可以使用默认参数继续进行计算。

　　当与“原子类型”关联的显式参数不可用时，常规的MM2，AMBER，Charmm和OPLS参数方案将失败。

　　如果使用默认参数，则不会因缺少参数而导致计算失败。

　　ESR光谱

　　还可以使用超精细耦合常数的计算值来表征开壳系统的ESR光谱。

　　电极化率

　　极化率张量的计算是可用的。

　　势能图

　　您可以选择一个或两个结构特征，并根据单个结构特征（2D图）或两个结构特征（3D图）索取势能图。

　　蛋白质设计

　　您可以剪切并粘贴任何氨基酸序列。

　　也就是说，可以切出一块，插入一块，或者用一个不同长度的新序列替换一个长度的序列。

　　当然，其余的蛋白质需要进行退火操作以适应这些修饰。

　　电场

　　可以在任何计算中叠加施加的电场。

　　例如，如果施加了外部电场，则带电系统现在将在分子动力学过程中在工作空间中漂移。

　　现在可以研究电场中的分子行为。

　　注解

　　虽然它一直能够在分子的渲染复制HyperChem到文件或到剪贴板

　　然后渲染转移到绘图或绘画程序准备投影胶片或其他演示材料，直接产生这种物质不留HyperChem现可能。

　　HyperChem中的注释是一段文本，可以将其放置在工作空间中的任何位置。

　　因为文本可以具有诸如字体，颜色和大小之类的属性

　　所以可以创建诸如箭头，线条，圆形，矩形和任意数量的其他图形图元的注释。

　　通过注释HyperChem中正在建模的分子，您可以打印工作区并更轻松地向他人描述建模结果。

　　HyperChem包含许多与创建和操作这些注释相关的功能。

　　由于它们存在于与分子或建模平面无关的平面或层中，因此它们会扩大而不是与HyperChem早期版本的建模发生冲突。

　　通过同时显示或打印两个平面，可以实现丰富的注释选项集。

　　虽然这不是主要目的，但是HyperChem现在可以用来独立于化学和分子建模来准备插图。

软件特色

　　电荷和多重性被保存

　　现在，总电荷和自旋多重性存储在HIN文件中，并在读取分子HIN文件时恢复。

　　以前，必须为工作空间中的任何新分子交互设置这些参数。

　　绘图约束

　　可以限制2D分子的绘制，以使生成的绘制分子具有均匀的键长和角度

　　并且类似于教科书中可能看到的标准2D分子表示形式。

　　这些限制对随后的2D到3D模型构建没有影响。

　　图形显示渐变

　　可以将任何原子上的梯度（力）可视化为矢量。任何一组原子都可以显示这些向量。

　　债券标签

　　一组动态更新的标签可用于键以及原子和残基。这些债券标签可以是以下之一：

　　键长

　　键序-由机械量子计算

　　增强的选择能力

　　HyperChem的操作在很大程度上取决于选择原子子集的能力。

　　例如，可以根据各种计算量（例如原子电荷或原子梯度）的范围来选择原子。

　　因此，例如，现在可以选择电荷在-0.1到0.1之间的所有原子。

　　原子选择选项被组织为基于原子的串属性的选择，或基于数字属性（例如上述原子电荷）的选择。

　　无论您使用HyperChem的许多内部功能还是与其他化学程序建立实时链接，

　　使用HyperChem Release的好处是您都可以自由地专注于自己最擅长的事情。HyperChem完成其余的工作。

安装步骤

　　1、用户可以点击本网站提供的下载路径下载得到对应的程序安装包

　　2、只需要使用解压功能将压缩包打开，双击主程序即可进行安装，弹出程序安装界面

　　3、同意上述协议条款，然后继续安装应用程序，点击同意按钮即可

　　4、弹出以下界面，用户可以直接使用鼠标点击下一步按钮

　　5、弹出激活码输入界面，输入anxz，激活码输入：12-800-1501799999

　　6、接着还会弹出一个提示，输入程序序列号：　12-800-1501799999

　　7、可以根据自己的需要点击浏览按钮将应用程序的安装路径进行更改

　　8、弹出以下界面，用户可以直接使用鼠标点击下一步按钮，可以根据您的需要不同的组件进行安装

　　9、弹出应用程序安装进度条加载界面，只需要等待加载完成即可

　　10、根据提示点击安装，弹出程序安装完成界面，点击完成按钮即可

方法

　　1、程序安装完成后，先不要运行程序，打开安装包，然后将文件夹内的文件复制到粘贴板

　　2、然后打开程序安装路径，把复制的文件粘贴到对应的程序文件夹中替换源文件（路径为：Program文件夹中）

　　小编更改的文件路径为D:\AAAAA\Program

　　3、完成以上操作步骤后，就可以双击应用程序将其打开，此时您就可以得到对应程序

使用说明

　　磁场中的分子

　　现在可以在均匀的磁场中探索分子系统的结构和反应性。 HyperChem 6向工作空间添加了可选的外部电场，而HyperChem添加了可选的外部磁场。

　　磁场的影响相对未知，但是此功能允许交互式探索磁场如何影响化学行为。

　　哈密顿量中包括两个术语。第一个是磁场与电子的轨道角动量的相互作用，第二个是磁场与电子的自旋的塞曼相互作用。后一项仅在使用无限制Hartree-Fock计算的开放式系统或计算中出现。

　　激发态几何的优化

　　添加了一种新的优化方法，共轭方向。该方法允许仅使用能量进行几何优化，而无需计算梯度（一阶导数）。

　　这为针对许多新情况优化结构提供了可能性。特别是，可以优化配置交互计算的任何状态。这些首次包括激发态。

　　MP2相关几何的优化

　　从头算计算中包括电子相关性的相对准确且相对简单的方法是Moller-Plesset二阶微扰理论（MP2）。以前，HyperChem用户只能计算MP2能量，但是现在，使用上述共轭方向优化器，他们可以使用MP2理论计算结构的优化几何形状。

　　芳环的新渲染

　　尽管HyperChem从根本上讲是一种分子建模程序，而不是一种绘图程序，但具有轻松创建分子结构和图形注释的功能非常方便，可以在演示文稿中使用。

　　在这方面的主要缺陷是缺乏芳香环的“漂亮图片”，因为HyperChem用虚线表示了这些芳香环，这对于大多数对模型建模而不是绘图感兴趣的情况很方便。

　　使用HyperChem，可以将芳环表示为更传统的环，中间是一个圆，而不是带有点状键的环。

　　绘图程序

　　如前所述，在添加方便的绘图功能的演进过程中，HyperChem 6添加了注释的概念，其中可以（基本上）将文本添加到工作空间中以注释化学结构。这些“文本”注释可以包括使用各种字体的许多符号（例如箭头）。在HyperChem 7.5中，此绘图功能扩展到了线，椭圆（圆形）和矩形（正方形）。这些元素可以着色，填充或不填充，点缀等。

　　它们包含在最新的HIN文件标准中，因此HyperChem可以用作简单的绘图程序。

　　交互式检查和参数操作

　　分子力学和半经验方法使用大量参数。尤其是，新的TNDO方法适用于各种参数集，用于各种不同的化学计算。始终可以编辑基于文本的参数文件并重新编译它们。

　　使用HyperChem ，可以在屏幕上查看与所选原子，键，扭转等相关的参数。然后可以根据需要立即编辑这些参数。此外，可以交互方式复制整个参数集，从而使以简便的方式交互探索不同的参数集成为可能。

　　增强型聚合物助剂

　　增强了聚合物助洗剂，以生成支链聚合物和线性聚合物。由于TAIL已附加到HEAD，因此可以指定随机附加到新HEAD或旧HEAD，从而在聚合物中创建分支。除了为HEAD到TAIL连接明确指定扭转角外，现在还可以为单体的内部骨架指定扭转角。

　　具体而言，可以使这些单体主链角度随机选择或如描述单体时最初指定的那样。

　　新基础集

　　结合HyperChem的新DFT功能，已将大量新的基础集添加到HyperChem已包含的集合中。这些基础集可用于从头开始模块或DFT模块。

　　新用户颜色

　　当HyperChem在1980年代为Windows的第一个版本开发时，它仅限于总共8种标准颜色。由于这8种阴影中的许多阴影可用于分子和轨道的阴影模型，因此这并不是一个令人沮丧的限制。

　　但是，它不允许特定用户可能想要的粉彩和特定颜色。在7.5版中，放宽了对8种颜色的限制，实际上允许您使用大多数图形卡可用的1600万（24位）颜色中的任何一种。

　　7.5版并没有强迫用户继续确定这24位，而是引入了“用户颜色”的概念，您可以将其设置为1600万个选项中的任何一个，然后轻松地进行重用。这是通过将8种Windows颜色，4种用户可定义的颜色（分别称为user1，user2，user3和user4）添加到标准颜色来完成的。HyperChem 7.5提供了一种轻松的方法来定义和保留并记住这些颜色。

　　不同原子的不同渲染

　　虽然Hypercube，Inc.的HyperChem for Unix版本（SGI）允许这样做，但直到现在Windows版本的HyperChem都要求您为系统中的每个原子使用相同的渲染。

　　在此版中，您现在可以选择混合渲染，并且各种原子渲染均可与任何原子一起使用。

　　现在可以使用新的管渲染，因此系统中的任何原子现在都可以渲染为：

　　棍棒

　　球和棍棒

　　球和气缸

　　重叠的CPK球体

　　管

　　此外，任何原子都可以在其渲染中添加点表面。所有球体，球体，圆柱体和管的半径都可以变化。

　　蛋白质能力

　　此版本增加了处理肽和蛋白质的重要新功能，尤其是与蛋白质数据库（PDB）文件相关的功能。新功能包括：

　　肽生成剂进一步了解二级结构，例如3-10螺旋。

　　蛋白质二级结构是每个残基定义的一部分。每个残基可以是螺旋状，片状，匝状或无规卷曲。

　　蛋白质二级结构自动从PDB文件中提取，并自动保留在相应的HIN文件中。

　　您可以根据蛋白质的二级结构进行选择。

　　可以用多种新方式渲染次要结构，例如螺旋和薄板。现在有两个主要的渲染图案-原子的渲染和二级结构的渲染。

　　选择可用于为二级结构渲染任意着色。

　　二级结构效果图

　　HyperChem始终包含相对原始的蛋白质色带渲染。也就是说，较早的渲染由沿着主干的平行线组成。

　　随着该版的发布以及OpenGL在HyperChem中的引入，还提供了许多其他更复杂的固态色带状渲染。这些包括：

　　带状线。

　　细实线。

　　厚实的色带。

　　圆柱体-通常代表螺旋头和尾部的位置。

　　管状线圈渲染-通常代表随机线圈的二级结构。

　　这些蛋白质二级结构渲染图的属性（例如厚度（或半径））可以进行调整以适合您的个人口味。

　　它们可以以任意方式着色。默认的二级结构渲染基于实际的二级结构（例如用于螺旋的圆柱体）。

　　但是，您可以自定义二级结构渲染（例如，将管状线圈渲染用于螺旋而不是圆柱体）。